Die Organisation sei besorgt über den Einsatz des Nutri-Score auf Verpackungen, da die gesetzten Ziele bei realistischer Betrachtung kaum erreicht werden könnten, so die SMP in einer Medienmitteilung. Einzelne Lebensmittel aufgrund ihrer Nährstoffe zu bewerten sei nicht der richtige Ansatz, um die Qualität und die gesundheitlichen Aspekte beurteilen zu können. Referenzwerte und Empfehlungen seien für eine gesamthafte Ernährung konzipiert und könnten nicht auf einzelne Lebensmittel heruntergebrochen werden. Das Ampelsystem auf dem Produkt sei deshalb nicht umfassend und könne falsche Botschaften vermitteln. Für besser geeignet halten die SMP eine Bewertung auf Basis der Lebensmittelpyramide.

Weiter schreiben die Milchproduzenten, dass der Nutri-Score automatisch Vollmilch und Vollmilchprodukte, Fruchtjoghurt sowie Käse und Butter wegen des Fett-, Salz- und Zuckergehaltes diskriminiere. Fettreduzierte Milchprodukte würden besser bewertet als Vollmilchprodukte, obwohl es keine belegbaren Vorteile einer Reduktion von gesättigten Fettsäuren in Bezug auf zum Beispiel koronare Herzkrankheiten gebe.